Обычно когда такая ситуация возникает то:
1. Напрягаю ответственных сверить все z отчеты на совпадение выручки.
2. Проверка приходных/расходных накладных, (другие если применяются) все ли проведено. Если есть документы в черновике уточняю у оператора почему данный документ в черновике.
3. Можно по извращаться и посчитать калькулятором все ли верно программа считает(хотя не разу не сталкивался чтоб считалось не верно)
Если везде все красиво, претензий к программе быть не должно, уже проблемы сотрудников магазина куда дели товар, вынесли или пересорт.