При переходе на Супермаг, сразу использовали именно механизм экспорта из системы, в виде текстовых файлов. Выгрузка настроено таким образом, что если накладная была изменена, и ранее выгружалась (как следствие загружалась в 1С) выподится запрос на перепроведение документа в 1С, по жтим накладным бухгалтера разбираются отдельно. По факту того что кто-то мог что-то "похерить", хочу сразу предостеречь от выдачи прав на удаление накладной, в любом временном периоде, это влечет за собой множество проблем, в том числе и вами озвученную. Какой-бы не был человек которому вы доверите права на удаление документа, всего лишь человек, и допускает ошибки, подвержен эмоциям и т.д. Возьмите за правило так же регулярно выставлять запрет на дату редактирования документов в административном модуле, это так же многих лишит желания вносить исправления в документы задним числом. А сам механизм экспорта, очень гибкий, и решит многие ваши запросы. Главное не запутайтесь с выгрузкой из оперативной или аналитической базы. Из своего опыта могу сказать что конечно же удобнее выгружать из оперативной, ну и естественно только принятые документы.