Попробуй в административном модуле поставь галку "Считать нулевую неопределённую себестоимость по будущим приходам", жми кнопку "Сохранить". Потом снимай эту же галку, ещё раз сохраняй и пересчитывай товародвижение. Данная процедура у меня вернула время расчёта к прежнему значению.
Версия 1.025.1 SP1
Как пояснили разработчики, "при отсутствии записи в справочнике БД повторное обращение к справочнику (внутреннему объекту Супермага) приводит к повторному обращению к БД. В свою очередь, обращение к БД приводит к значительному потреблению ресурсов. Если их по какой-то причине недостаточно, может произойти значительное падение производительности."
В алгоритм расчёта внесены изменения, ждём сервиспак.