Споткнулся о то, что иногда не отправлялись сообщения на форуме. Всплывал таймаут от nginx при попытке послать сообщение в определенную тему, даже если речь шла просто об отправке отредактированного. Так же не получалось перестроить темы в админке. MySQL не нагружался, т.е. спотык был в PHP. Методом исключения был обнаружен AutoTagger, прикручивающий теги к теме. По непонятной причине часть тем им нормально не обрабатывалась. Пришлось очистить все его записи в админке, а потом поставить их заново. Включил/выключил модуль таггера, вроде теперь все нормально работает... С чем было связано - не знаю.