Там две возможности синхронизации:
- синхронизация ЦО
- синхронизация подчиненной базы.
Первое предполагает сделать в ЦО, так как в магазине. Второе - сделать в магазине, как в ЦО.
Поэтому, второе удаляет документы, которых нет в ЦО.
По логике, там при синхронизации фильтр по дате документа есть, и его бы надо устанавливать так, чтобы не попадал период, открытый для редактирования документов.
Правда я сама синхронизацией не пользуюсь, слишком много у меня к ней других претензий.