Работал с конвертером "Стандартный Импорт", не 4, но схема у них одинаковая.
У самого была такая же задача, перегружать полностью одну таблицу артикулами для скидки.
Но тут переписать полной выгрузкой одну таблицу нельзя, потрутся если не все, то многие другие.
Пришлось склепать довольно замороченную схему с хранением последних выгруженных данных в базе конвертера и сравнением новых данных со старыми.
Если попроще, то может быть сработает так - инкрементальная выгрузка таблицы, состоящей из 2-х половинок:
1-я - все текущие данные таблицы, выдранные из основной базы, с признаком deleted (т.о. выгружальщику доступ к текущим данным все равно нужен)
2-я - новые данные
Не проверял.
Поглядел описание 4-го, там есть доп. табличка clear_signal для удаления некоторых данных, но очень некоторых (весовые ассортименты/прайслисты/виды цен).