Да, скрипт реально тяжелый, правда мы считали, что такие проблемы будут на базах размерами от 100 Гб и выше. Скорость выполнения сильно зависит от объема свободной оперативки, видимо у Вас это и стало узким местом - при такой конфигурации вероятно и FB стоит 32-разрядный? Тогда ему вообще доступно только 2 Гб. Например, 30-гигабайтная база апдейтится за 3 часа, но на 64-разрядном FB и с оперативкой 24-32 Гб.
При выполнении этого скрипта работать в С-Маркет никак нельзя.
Попробуйте этот вариант скрипта:
FB0604_document08.rar
Он должен работать примерно в 2 раза быстрее.
И огромная просьба - отпишитесь тут о результатах, нам это очень важно.