В общем, проверка-таки работала некорректно. Было написано ТЗ и получен ответ от разработчика, что в будущих версиях(в середине 2013г) будет добавлена новая проверка, которая, в случае поставщика без НДС, будет сравнивать ставку налога в приходной накладной с 0, а не со ставкой в карточке, как сейчас.
Поэтому в будущем можно будет выставить проверку 160 в "Всегда запрет" и отсеивать ошибки сразу при проведении документа, а не в конце месяца по отчетам. Думаю, это будет полезно коллегам.:Laie_2mini: