1. Меняется, потому что включен параметр ActPereocChangePrice (Автоматически изменять розничные цены при оприходовании акта переоценки). При разоприходовании обратно менять цену и не планировалось, т.к. случайно можно разоприходовать документ трехлетней давности и все цены слетят.
2. Скорей всего не на тот тип документа сделаны настройки или что-то не учтено. Настройку необходимо делать на тип документа вида "Акт переоценки" (см. вложение), не обязательно только поле "Клиент по умолчанию", т.к. все равно ни на что не влияет.