один из вариантов:
сверить существующие документы в ЦО (те которые после обрезки) и подчиненных БД
после этого сверить отстатки и на разницу создать в ЦО приходные-расходные накладные с датой сразу после обрезки...
можно даже в розовом статусе - остатки поменяют, цены не тронут... и в МХ их не рассылать...