я подозреваю, что у вас есть товары типа "Подарочный сертификат 500", "Подарочный сертификат 1000",...
Если так, то делаем скидку "На классификатор и артикул", в ней задаем все эти сертификаты,
для них указываем "скидка 100%%", результат скидки - начисление на счет клиента
если надо произвольные суммы - тут придется подумать: либо разрешать редактировать цену, что чревато,
либо еще можно делать скидку не "на классификатор и артикул", а ручную на позицию
еще момент - в чеке, где продаем сертификат придется регистрировать клиента