Если баллы применились как скидка(запись в ckdisc.btr), то можно закрыть чек за сумму оплаченную налом, а затем вручную добавить в базу кассы записи по скидке баллами.
Если баллы применили как оплату(ckpays.btr), то можно эту оплату пробить как тип оплаты Безналичный слип или Голосовую авторизацию, тогда в фискалку запишется безналичный тип оплаты, а в базе кассы уже заменить тип оплаты на нужный.
как-то так. Геммор конечно.
Но думаю, что касса произвольно не может аннулировать чек. Т.к. при аннулировании, она обязательно запрашивает подтверждение операции.
Все на свете возможно, нужно накапливать статистику, чтобы понять, как такое может быть.