Вполне возможно, что какие-то косяки были поправлены в 29.3, кроме того, в данном случае не имеет значения последовательность перехода. Возможно, что импорт предыдущей версии закончился неудачно (надо смотреть лог экспорта/импорта) Возможно, что при инсталляции 29.3 были сбиты какие-то настройки. Но, как мне кажется, скорее всего дело именно в косяках генератора.
Я бы оставил вариант, полученный из "апгрейд-импорт", проверил бы структуру и не переживал особо. Логи экспорта/импорта на предмет ошибок проверить надо обязательно в любом случае.