Предлагаю загрузиться с live-cd или usb, лучше с Linux каким-нибудь, после чего еще раз посмотреть, что же на флешке на самом деле. Как вариант - они просто скрытые, при выключенной опции отображения скрытых файлов (эту опцию, кстати, можно в эксплорере и включить)