Inaya, на самом деле ты рассуждаешь не о борьбе с пересортом (чем лучше и заняться бы в магазине), а о выравнивании фактических остатков, когда пересорт уже случился.
если предотвратить не удалсь - уже не важно, одним документом выравнивать или двумя.
если упорно хочется, чтобы приход был не от виртуального поставщика "пересорт" и не от самого магазина, а от конкретного поставщика, который возит товар - надо делать расход излишков именно на этого поставщика и проход недостач тоже от него.
а чтобы никто не пытался за эти приходы-расходы деньги гонять - можно, например, пользовательские операции специальные выделить "расход пересорта" и "приход пересорта"
что же касается идей по созданию нового типа документа для пересорта - эта идея на форуме уже мусировалась. попробуй найти ветку и на пару с автором родить тех. задание.
только имей в виду: ТЗ будет 100% платное и еще бог знает на когда его в очередь затолкают.