GT-SoftControl руководство пользователя.
Там много написано.
Как я уже писал, перед манипуляциями по обновлению, я бы сделал бекап CF card.
Мы делаем под линуксом, мне наш айтишник сделал образ виртуальной машины с линуксом, там есть штатная утилита для таких манипуляций.
п.с. у нашего клиента недавно обнулилась эта CF card, пока мы разобрались, прошло время, держать копию такой карты будет не лишним.
Пока разбирались, выяснили, что терминалы GT-12C били 3 версий, первая и вторая производства MSC, третья Bizerba. В первых двух линукс вроде одинаковый, в третьей версии отличается.