Есть еще параметр, отвечающий за способ печати чека
Если поставить "после расчета сжато", то аннулированные, сторнированные, сторнирующие позиции на печать не выводятся.
Выводиться будут, если выбрать "во время расчета" или "после расчета".
При выборе "во время расчета" чек печатается по одной позиции, что в частности означает невозможность зарегистрировать клиента в открытом чеке, возможна регистрация клиента только в начале чека.
Еще там есть варианты "с группировкой по...".
К сожалению, сейчас не помню, как они влияют на сторнированные позиции
Еще: при обновлении с 48ой до 54ой версии все lua-скрипты должны были стать такими, как они сейчас по-умолчанию. Если в них что-то было написано свое оно в УКМе не сохранилось. Может есть бэкапы?
Об этом, кстати, написано в readme к обновлениям.