SET 5.0 не в курсе, могу примерно подсказать как у Atol.
Варианты:
1 - Указали тип платажей в SM или в SET(оба коды должны быть одинаково)?
посмотрите в Конфигураторе-->Кассы-->>Тип Платежей. После чего загрузите в кассу с галочкой "типы оплат"
2 - или в S-market - не трогаем, только настроить в SET, типы платежей надо указать код 3, где код 3 в S-market будет считать как безналичный расчет.
PS - S-Market на Interbase, не попробовали конвертировать в Firebild?