В разделе фин. обязательства по поставкам выбираем необходимое обязательство, жмем кнопку обработать и там погашение расходом или погашение обязательства. появляется список с обязательствами по отгрузкам (непогашенные или частично погашенные, достоверные, с тем же собственным контрагентом и тем же контрагентом). там вручную устанавливаем сумму связи (либо там же есть кнопка Распределить задолженность (если погашение расходом)), жмем ок.
В итоге обязательства по поставкам (возвраты) станут погашенными (полностью или частично, в зависимости от суммы привязки), обязательства по поставкам (приходные накладные) станут либо полностью погашенными, либо частично.