Не утверждаю, что check бесполезен, но у себя я не помню ни одного случая, когда mysqlcheck мне поднял кассовую базу. Перезаливка с сервера всегда.
Удалять файлы в /usr/local/ukm/mysql посоветовали правильно. Просто в автозагрузку это надо вставить, в /etc/rc.d/rc.local например.