Добрый день. Нашел загвоздку. в Битриксе, в разделе импорт экспорт, есть внизу поля для экмпорти импорта, в общем НДС включает в себя стоимость был за гранью видимости, нужно было ползунком опустить, поэтому не предал значения данным настройкам. Выделил строку, удалил все товары, выгрузку по новой сделал. Все ок