Я бы на твоем месте сначала посмотрел, что все диски в ZFS, если нет - в пень эту бздю, лучше Линукс поставь.
Советовать трудно, я не знаю фряху, но, во-первых, я бы не setenv попробовал, а export, вроде как это общебашевое.
Во-вторых, не знаю, как во фряхе, но в солярке и линуксе есть env, которая как раз переменные окружения и выводит. Можно сделать в кроне env >/home/user/file и сравнить с тем, что у тебя получается из ком.строки, когда все работает.
Но основное и самое главное - в самбе 1251 не должно отражаться на том, как файлы записываются в файловую систему. Предлагаю копать в этом направлении, иначе грабли еще только начинаются. У меня ZFS, самба, работа с виндой. Залез в свой древний конфиг, там
Цитата: dos charset = CP866
unix charset = UTF-8
display charset = UTF-8