На разные вопросы заводите разные темы.
Обнуление базы - это и есть удаление карточек и приходов. Можно их перенести в отдельную группу и сделать неактивными (если уж они точно похоронены и никак не участвуют в документообороте и отчетах, в том числе по остаткам).
Если хотите - могу удаленно почистить базу совсем или от вышедших из употребления карточек (только их все равно сначала надо вынести в отдельную группу) и связанных документов. Штатного механизма для этого не существует. Контакты вон там вверху слева, подготовьте удаленку и пишите.