Для начала - какие именно настройки? Я сейчас не помню, но настройки хранятся, как в HKCU, так и в HKLM. И, что еще веселее, ветки две, как минимум, т.е. Service Plus и Сервис Плюс. Еще и ServPlus, вроде, был на старых версиях.
Надо понимать, что помимо настроек интерфейса есть регистрация DLL-файлов.