Поступить как обычно: остановить сервер УКМ4, почистить каталог, в который выгружаются данные, выгрузить данные, проверить, что действительно нет дубликатов, запустить сервер УКМ4. Если проблема сохранится и данные не примутся - читать про оптимизацию Mysql на сервере.