Очередная версия, очередная ошибка.
Цитата: Если не указана страна регистрации в справочнике "Контрагенты", то при обновлении на релиз 3.0.39.50 значение из поля ИНН переносится в поле "Налоговый номер", а ИНН очищается
Написано, что исправлено в версии 3.0.39.51 (хотя пока ещё этой версии нет на сайте обновлений).
50-ю - рекомендую пропустить.