Ставил себе тут KDE попробовать, пробовал разные вещи и тут на тебе, окна стали активироваться только кликом на заголовке. Т.е. можешь ткнуть в окно, оно получает фокус, находясь под другими заголовками, можно печатать. Пока в заголовок не ткнешь, не всплывает.
Подсказали в IRC, #gnome (#fedora не знали)
Код:
gsettings get org.gnome.desktop.wm.preferences raise-on-click