Для 1С есть решение
[1С УТ10] Расширенный импорт в 1С из Excel (загрузка в 1С прайсов, номенклатуры, документов) НОВАЯ ВЕРСИЯ 2013. Для всех конфигураций
http://subsystems.ru/catalog/27/158/
Одна из команд - загрузка счета от поставщика. Показывает таблицу сравнения между заказом оформленным в базе и счет полученным в отчет. Показывает отличия в количестве и ценах, показывает другие цены и отклонения.
ПОзволяет создавать документ на корректировку.