Да, пароль (ключ шифрования) к таблице хранится в отдельном бинарном файле (ключевой файл, тоже зашифрованный, но стандартным ключем). Пароль не один, на разные наборы таблиц могут быть разные. Соответственно, несколько ключевых файлов. Ключевые файлы могут располагаться в любом месте сети и нужны только при входе в программу, потом могут быть физически изъяты. Где лежат ключевые файлы, указано в неком стандартном файле, тоже шифрованном стандартным ключем.
Прямой доступ к списку файлов базы данных при необходимости закрываем средствами ОС. Внутри стандартного каталога может быть создан секретный подкаталог, чтобы исключить прямой доступ к файлу из левой программы. Программа обычно крутится на терминальном сервере (кроме однопользовательского варианта, разумеется).
База данных топспидовская. Организация древовидная, записи переменной длины. Индексы хранятся в том-же файле, что и данные.
В файле имеется описание структуры. Поэтому, зная ключ шифрования, можно воспользоваться стандартной утилитой topscan для просмотра и изменения данных. (Небольшое отступление. В базах первасива, с которыми тоже может работать КупецЪ, структура таблицы в физическом файле не хранится, поэтому там нет стандартных утилит для прямой работы с файлами. Первасив сейчас клиентам не ставим по причине его платности, но технически без проблем...)
Я зашифровал вложенную таблицу каким-то ключем примерно 15 символов. Алгоритм шифрования от разработчика базы данных, не документирован и не сертифицирован.
Подобрать ключ на вложенный файл можно только перебором. Мне самому интересно, сколько это займет времени. Могу предполагать несколько месяцев, но опыты не ставил и не слышал, что кто-то подобным занимался.
В боевых условиях ломануть защиту базы данных, думаю, реально только через трассировку работы программы дебагером, но кто-же на сервак с левым софтом пустит...