Отражать надо.
Схема документооборота как в перевернутой приемке, розница создает ТТН, опт делает акт и т.п
Есть одно НО. Для того, чтобы это сделать, возвращаемый товар у розницы должен быть в остатках в ЕГАИС.
Поэтому, если товар приходил до 01.01.2016, то перед возвратом надо будет сделать акт постановки на баланс.