Что-то я не очень понял про SCP...
Как ускорить rsync
Параллельное копирование директорий rsync
Суть - у SSH есть несколько разных типов шифрования, которые, да, жрут проц. А еще там и zip-сжатие есть для тормозных каналов.
Во-первых, zip в локалке надо отключить. Во-вторых, тип шифрования (есть и none) сменить на менее жрущий. Например, arcfour, если none недоступен. None, понятно, только через VPN.
В-третьих, скриптом можно запустить необходимое количество потоков копирования. Linux нормально выживает при 100 потоках на 32 ядрах.
Как именно на Windows сделать - не скажу, но суть протокола - должно все поддерживаться.
Если "не умею, не знаю, не хочу", то да, FTP тупой и простой... Заодно себе кто-то твои бекапы может слить.