Зачем останавливать службу?
Если есть стандартная утилита mysqldump...
Вот пример батника которые все делает сам за тебя и бекапит на горячую
Можешь его модифицировать под себя
Цитата: C:\MYSQL\bin\mysqldump -uroot -hlocalhost -pпарольБД -v ukmserver | gzip -c > D:\BACKUP\UKM\%date%_ukm.sql.gz
timeout 5
forfiles -p D:\BACKUP\UKM\ -d -10 -c "cmd /c del /S @file
exit
в итоге получаешь дамп базы, той же утилитой можешь все и востановить