С помощью сайта check1.fsrar.ru проверьте состояние накладных по номеру TTN и FSRAR_ID.
Еще можно запросить остатки по вашей организации, например, через curl. Как это сделать - написано в документации к УТМ, там есть пример. Остатки показываются в разрезе идентификаторов справки А и Б. Если накладные были зафиксированы в ЕГАИС, то по ним должны быть остатки.