Настройки почтового модуля хранятся в базе (и хорошо, что так). Я бы пошел по пути оптимизации самого модуля, потому, что такое количество ящиков ничего неожиданного не представляет, НО, какой транспорт используется? Email? Очень плохая идея... Подумайте, как сделать файловый, причем, думаю, не FTP.