Обычно, если есть такая необходимость, в биосе указываю необходимые прерывания, соответствующие com 1, 2 и тд., тогда в загрузочном носителе нет необходимости что-то изменять. Он один на все магазины и кассы при разнообразном оборудовании.
На мой взляд это проще и перелить потом можно с меньшей проблемой.