В точке-отправителе весь товар отгружаемый товар должен стоять на остатках 1 регистра. Если товар поставок 2015 года, т.е., приходил до ЕГАИСа, надо поставить его актами на 1 регистр.
Далее, когда всё на остатках, запрашиваете остатки по 2 регистру.
Далее, когда остатки придут, делаете исходящую ТТН на вторую точку. Будьте внимательней с номерами и датами документов, они должны соответствовать бумажным. При добавлении строк в документ будет выбор из партий свежеполученных остатков. Законченный документ сохраните и отправьте в ЕГАИС. Распечатайте справки Б (или справки к ГТД), которые необходимы для перемещения (справки А у вас и так должны быть, прикладывайтен их копии).
На вторую точку он придет из ЕГАИС как от обычного поставщика, там его подтвердите. После этого на первую точку из ЕГАИС придет подтверждение.
А вообще надо было писать сообщение в теме про Helper, здесь его могли просто пропустить.