MyISAM и особенно Aria работают с такой скоростью, какая InnoDB и не снилась. Как, впрочем, и многим другим. Т.е. MyISAM работает на скоростях, близких к потолочной возможности самого железа, практически без накладных расходов.
Вопрос только в транзакционности. Впрочем, в Aria она есть. Только я не пользовался ни разу.
Для начала бы определить в чем именно запарка. Если в однопоточном I/O на запись или многопоточном на чтение без записи, то InnoDB будет медленнее. Я бы предложил исследовать конкретные тормоза, а не рассматривать ситуацию в целом. Для большей скорости и меньшей надежности - MyISAM, для транзакций - InnoDB.