1. не вижу противоречий до того места, где к одному артикулу СМ привязано несколько кодов ЕГАИС.
2. параллельно с инвентаризацией в СМ, проверяется весь алкоголь на наличие на остатках в ЕГАИС, т.к. уже были случаи когда поставщики присылали в ЕГАИС накладную с одним алкокодом, а по факту был такой же алкоголь, но алкокод был другим...
и еще - описание вашего иного принципа - практически на 100% совпадает с функционалом программы, только вместо ТСД, даже самого дешевого, используется ноутбук б/у (10 т.р.) + ручной сканер QR кодов (за 7 т.р.)
завтра с утра проверю совпадение остатков СМ и ЕГАИС - если все будет хорошо, то вполне возможно и не надо будет сканировать все бутылки, но сейчас для выравнивания остатков, мне кажется такой подход единственно возможным.