У нас из 12 джакарт сдохло штук 7, их заменили на рутокен, с рутокеном вообще ни одной проблемы не было с тех пор...
Перейти на другой ключ достаточно легко, сносится софт от джакарты, крипто про, ставится драйвер рутокен, включается поддержка шифрования, и идем на сайт егаис для получения подписи, ставим криптопро, записываем подпись, далее, если путь папки с егаис у нас остался по умолчанию C:\UTM, то прогоняем батник из вложения, если нет, то можно попробовать поправить путь в батнике, либо переставить утм, предварительно выгрузив базу данных, и загрузив после установки.