Почитал "Порядок работы участника системы при фиксации данных в ЕГАИС"
Цитата: Если количество, фактически полученное получателем ТТН, меньше количества, указанного в этой ТТН, то этот получатель может сформироват акт разногласий по данной ТТН. В акте разногласий указывается фактически полученное количество. Акт передается из АИС в УТМ, из УТМ - на сервер ЕГАИС, с сервера ЕГАИС — на УТМ отправителя ТТН. В ответ на ак расхождения отправитель ТТН формирует и отправляет в УТМ документ подтверждения акта расхождения. УТМ отправляет подтверждение акта на сервер ЕГАИС. Сервер ЕГАИС перенаправляет акт получателю ТТН. Кроме того, сервер ЕГАИС заносит на остатки организации-получателя продукцию согласно фактически полученному количеству, указанному получателем ТТН в акте разногласий. Разницу же между данными по ТТН и фактически полученным количеством сервер ЕГАИС возвращает на остаток отправителя ТТН.
Судя по этому тексту, так и есть. Пока поставщик не подтвердит акт, никаких движений по остаткам не происходит.