Первым делом проверил журналы, такой ситуации не было, после сам попробовал по создавать накладные прихода и перемещения, чтобы лично убедится (всякое бывает), на приходе явно срабатывает проверка, перемещение провелось даже не моргнув.
По поводу отрицательных остатков, перемещение делал в базе "магазина", с ЦС(отключен расчет остатков) в МХ магазина(остаток идет в плюс), непонятно что запрещать.
Из той же документации, галочка "прием разрешен" - Атрибут предназначен для управления распродажей товара, который решено вывести из товарообращения. Если флаг не установлен, то товар будет расходоваться (продаваться), но его приход будет запрещен (блокирован ТС);
И соответственно немного непонятен момент прихода через перемещение, я думаю как то этот момент учитывается, вот только в упор его чёйта пока не вижу)