Ничего с ними делать не надо. Обычно проблема как раз в том, чтобы они там появились. Но раз бот страницы заметил, то из выдачи они выпали и вы сделали все правильно.
Единственный вопрос, по которому до сих пор ломаются копья, не отдавать ли 410 код для тех, которые именно удалены. Я тестов не проводил, но мне кажется, что бот этот код больше любит, поскольку на 404 он иногда возвращается. Причем, иногда спустя большой отрезок времени (через год или два).
Общий подход достаточно прост. В консоли смотрите, чтобы в "ссылающиеся домены" ссылки не существовали, если они на вашем сайте, и по возможности перенаправляете куда-то в более подходящее место (например, на категорию) внешние ссылки. Речь не о 301, а именно о том, чтобы просто ссылки не тухлые были.
Исправлять или нет в самой консоли - решаете сами. Можно и бросить, на поведение бота это не влияет (как мне утверждали все подряд, включая гуглеров), однако минус захламленности этого раздела в том, что там лимит на отображение по количеству ошибок и вы просто не будете видеть новые. Я, если честно, сначала думал, что если помечаешь ошибку исправленной, то бот придет и еще раз посмотрит, есть ли там 404 или нет, что, собственно, подтверждалось наблюдениями. Однако, все вебмастера и прочие посвященные люди настоятельно отговаривали меня от такой теории.