1. А вы хотели, чтобы количество магазинов не влияло на количество возникающих сопутствующих вопросов? Не смешно же... Зато яйца в одной корзине будут... Бабахните обновлением базу - встанут все разом. Проблемы обмена возникают только из-за косяков операторов, либо плохой связи. Первому ничего не даст перевод в одну базу, второе будет мучить связистов и даст повод народу сачковать "потому, что связи не было" и причину для конфликтов.
2. Повторение первого пункта. Будут ошибки в центральной базе. Еще и друг на друга будут завязываться. Голову потом лечить будете разгребать это все в одной каше, а не последовательно.
3. Очень смешно. На магазин можно дерьмовенькое что-то ставить, а в ЦО вы будете растить очень большой и очень дорогой сервер, масштабирование которого дороже и в итоге может упереться в возможности железа. Придется запланировать обязательную замену этого сервера, т.е. держать два таких очень больших и очень дорогих сервера, поскольку долгий простой будет недопустим. Помимо этого будете растить еще очень толстый и надежный канал, куда должны будут влезать все магазины разом, даже, скорее всего, два канала, чтобы выход одного из строя на неделю не блокировал продажи. Но, в один прекрасный момент, когда эти два толстых и надежных канала, перережет худой и пьяный экскаваторщик, вы уволитесь, потому, что разгрести эту кашу обратно в кучу серверов на магазинах будет очень трудно.