Естественно, так и будет. НДС буден уплачен сразу. Но в бухгалтерии всё неразрывно, сумма уплаченного НДС увеличит учетную стоимость остатков. Другими словами для каждого товара учётная цена должна увеличиться на свою величину НДС (учетная цена этого товара*ставка НДС для этого товара), что в сумме по всем остаткам будет равно уплаченному НДС. Розничная цена, в свою очередь, должна будет включить в себя свой НДС.