Несмотря на то, что в Linux нет такой дряни, как реестр, все же замусорить его при больших усилиях и количестве софта можно. Всякие кеши и временные файлы, созданные приложениями, которые вы уже давно удалили, что-то давно забытое, все это может помочь найти и даже автоматически почистить программка Bleachbit, которая у меня была в штатных репозиториях.
Пример по моему home, который кочует по разным машинам уже больше 10 лет...
Disk space to be recovered: 2,11GB
Files to be deleted:
67874
Special operations: 54