Ну не должны они совпадать...
Ну сколько можно топтаться на углях???
И, главное, ЗАЧЕМ???
Неужели за столько времени, банально, нельзя прочитать описание расчета себестоимости в Супермаге?
При наличии отрицательных остатков в магазине, при расчете себестоимости в ЦО подбирается приход из СТАРШЕГО места хранения (центрального склада, например). И если его нет - то берется последний приход. В некоторых случаях (FIFO без МХ или средневзвешенная) могут подставляться приходы других мест хранения, так как расчет идет в целом по предприятию.
Когда вы считаете себестоиомсть в магазине, данных, которые я перечислила в прошлом абзаце, просто нет.
Для анализа ситуации есть трассировка расчета себестоимости по месту хранения и артикулу.