Компания Positive Technologies, к которой я отношусь с большим уважением, выпустила сканер безопасности PT BlackBox Scanner
Сканирование бесплатное, хотя, возможно, что это только сейчас, пока продукт в бете. Суть сканирования - один в один, как это делает XSpider от этой же фирмы. Я в свое время им пользовался, когда он был бесплатным, а сейчас как-то ушел от винды и давно не видел всего этого.
После регистрации через почту и подтверждения сайта файликом, вы будете видеть нечто вроде такого.
В детализации иногда попадаются интересные вещи и в целом я бы порекомендовал этот продукт. Лишняя проверка не помешает, но, еще раз подчеркну, что продукт в бете, потому есть некоторые ошибочки. Например, в тестировании блога я увидел ворох плагинов, которых у меня никогда не было. Ну и форумное сканирование идет уже больше 11 часов, застряв на 89%.
Да, что еще имейте ввиду - программа достаточно сильно перебирает разные отсутствующие пути, поэтому ее работа сильно заметна. Надо согласовывать с хостером или админом, кто занимается сайтом. К сожалению, не указывается адрес, с которого будет работать бот, что не дает возможность отследить и дать временный зеленый коридор для проверки.