А какой глубинный смысл в регулярном бекапе всея системы?
Поставил все, настроил - сделал образ оффлайновый той же Bacula. Бекап базы сливаешь ежедневно. Кладешь все на дедуп в borg backup - хранилище.
Это сервер, зачем систему каждый день бекапить?
Прошло много хотфиксов - сделал опять оффлайновый образ... Не надо никакой лишний мусор в систему пихать...