Батарейку нужно своевременно менять/заряжать, и менять не абы как, а ровно так, как описано в документации. WinCE предназначена для ПОСТОЯННОЙ работы (как минимум, встроенной памяти). Стало быть, заряженная батарея должна быть воткнута всегда. Не надо дёргать основную батарейку на ходу, и не надо разряжать её в ноль до выключения. WinCE на это не рассчитана.
Бэкап-батарея в MC9x - небольшой ёмкости, предназначена для поддержания аппарата в состоянии сна и только на несколько минут. В документации английским по белому написано, что первый заряд аппарата (или после сброса настроек в результате её полного разряда) должен идти не менее 15 часов, чтобы бэкап батарейка зарядилась полностью. И редко кто это читает и делает.... Так что она почти всегда недозаряженная. Вот и не держит нифига.