Совместим вроде? Пока не тестил, но похоже не возникнет проблем. Хотелось бы его по причине вот какой. Там есть замечательная возможность сделать innodb_file_per_table. Т.е на каждую таблицу - свой файл. А значит можно простым ковертом в myisam например и обратно уменьшать физический размер таблиц. Как вариант - дамп, херить и обратно.